コメントやトラックバックを含めることはできますか？

はい。できます。（※）
コメントやトラックバックも、記事本文と同じように、PDFファイルに含めることが可能です。
MyBooks.jp編集画面の「詳しい設定」で、「コメント」「トラックバック」の項目を
それぞれ「含める」に設定してください。
最初にPDFを作成する推奨仕様では、「コメント」「トラックバック」を含めないとなっています。
「編集し直す」から再設定を行ってください。

ブログによっては、ブログ側の書き出し設定に「コメント」を含める設定がありますが、
これは、書き出しデータに含めるかどうかですので、そのままPDFに「コメント」が表示されるように
なるわけではありません。ご注意ください。
この場合、書き出し設定で「含める」にした上で、MyBooks.jpの編集でもコメントを含める設定にして
PDFを作成してください。

PDFでは、本文と区別がつくように、インデント表示となります。

※「アメブロ」「ヤプログ」「teacupブログ」など、ご利用のブログによっては、
コメントやトラックバックを含めることができません。
これは、提携先ブログとの取り決めによる仕様ですので、あらかじめご了承ください。
（PDFファイル作成画面で、「コメント」「トラックバック」の項目が表示されない場合もあります。）