コメントやトラックバックを含めることはできますか?

はい。できます。
コメントやトラックバックも、記事本文と同じように、PDFファイルに含めることが可能です。
PDFファイル作成画面で、「コメント」「トラックバック」の項目をそれぞれ「含める」に設定してください。
PDFでは、本文と区別がつくように、インデント表示となります。

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